| Giappone, fine del XX secolo: Yui Ikari era una studentessa molto portata per le ricerche in metabiologia, iscritta all'università di Kyoto. La ragazza scrisse una tesi a proposito delle proprie ricerche, la quale venne poi letta, per sua volontà, dal professor Kozo Fuyutsuki. Fuyutsuki non solo venne affascinato dalla tesi, ma dalla ragazza stessa, e così nacque tra di loro un'amicizia, soprattutto per stima lavorativa. Pochi mesi più tardi Yui incontrò Gendo Rokubungi, un individuo ambiguo e sottile dalle non chiare aspirazioni, di cui riuscì a scoprire il lato migliore, fino a innamorarsene. Yui presentò quindi Rokubungi a Fuyutsuki, il quale all'inizio trovò in Gendo una persona piuttosto sgradevole. In seguito Yui informò Fuyutsuki del suo coinvolgimento sentimentale nei confronti di Gendo, Fuyutsuki rimase meravigliato dalla rivelazione della ragazza. Tuttavia già a quel tempo giravano strane voci riguardo Gendo, le quali affermavano che il suo interesse verso Yui era dato dal talento di lei e dal suo legame con una particolare organizzazione: la Seele. La Seele è una organizzazione segreta che lavora nell'ombra ed è in possesso di antichissimi documenti, chiamati I manoscritti del Mar Morto. In tali documenti viene descritta tutta la storia dell'uomo. In seguito si scoprirà che lo scopo ultimo della Seele è portare a termine il "Progetto Per il Perfezionamento dell'Uomo", che consiste nel far compiere al genere umano un salto evolutivo verso un unico essere di natura divina. La Seele è anche una sorta di "governo ombra", che muove le fila del mondo lontano dagli occhi della gente comune. Nulla sfugge al suo controllo, ha tutto e può tutto.
Una volta sposati (Gendo assunse il cognome della moglie, diventando Gendo Ikari), i due cominciarono a lavorare insieme all'Istituto di ricerca per l'Evoluzione Artificiale, dove Yui dette prova di grandi potenzialità. Lo stesso Fuyutsuki, pur non conoscendo i particolari degli esperimenti della sua ex alunna (noti soltanto a lei, a Gendo e alla Seele), non poté fare a meno di notarne la natura avanzata. Nel frattempo, sempre all'Istituto, la dottoressa Naoko Akagi lavorava alla realizzazione di Magi, un potente supercomputer ad interconnessioni di reti neurali.
Nel 2000 l'Istituto inviò la Spedizione Katsuragi in Antartide, dove si verificò un incidente che causò lo scioglimento dei ghiacci del polo sud e la morte di quasi tutti i partecipanti alla spedizione: il cataclisma ebbe un effetto disastroso sul clima della Terra, e prese il nome di Second Impact. La presenza della spedizione non venne resa pubblica, e i mezzi di comunicazione di massa diffusero la notizia dell'impatto di un gigantesco meteorite. In realtà, l'incidente fu causato dagli esperimenti che l'Istituto stava compiendo su Adam, il primo Angelo. Gendo Ikari, pur facendo parte della spedizione, al momento dell'incidente non si trovava in Antartide: come se già sapesse cosa sarebbe successo, era tornato in Giappone con largo anticipo. L'umanità affrontò un periodo difficilissimo: al momento del Second Impact la Terra era stata scossa da violentissimi terremoti, che causarono la morte di milioni di persone; l'innalzamento del livello del mare e le profonde modifiche climatiche misero a dura prova la sopravvivenza delle altre, tra cui le migliaia di bambini ormai orfani che affollavano le strade, tra questi, Ryoji Kaji.
Poco dopo venne creato il Gehirn, un'agenzia di ricerca controllata dalla Seele, all'interno della quale Yui continuò i suoi esperimenti. Gendo Ikari ne diventò il coordinatore; messo a conoscenza del progetto EVA, anche Fuyutsuki entrò a far parte del Gehirn. Shinji Ikari (figlio di Yui e Gendo), Asuka Soryu Langley e Rei Ayanami nacquero in questo periodo.
Pochi anni dopo Misato Katsuragi (figlia del comandante Katsuragi e unica superstite della spedizione in Antartide) durante gli anni di università conobbe Ritsuko Akagi (figlia di Naoko); le due divennero buone amiche. In questo periodo, Misato conobbe anche Ryoji Kaji (ormai studente universitario) e se ne innamorò: la loro storia d'amore li travolse, dopo tante sofferenze, come una fiume in piena di felicità. Dopo due anni però, Katsuragi lo abbandonò riconoscendo nel giovane la figura del padre che tanto odiava.
Nel 2004, durante l'importante esperimento di attivazione dell'EVA-01 (creato dal DNA di Lilith), culmine di tutto il lavoro svolto fino a quel punto, Yui Ikari morì. Shinji, che assistette all'esperimento, venne abbandonato dal padre e mandato a vivere coi nonni: padre e figlio non si sarebbero quasi più visti per oltre 10 anni. Ritsuko Akagi intanto si laurea ed entra a far parte del Gehirn; poco tempo dopo anche Misato Katsuragi e Ryoji Kaji si laureano, Misato in particolare entra a far parte del Gehirn e viene trasferita in Germania, nella divisione tedesca. Successivamente Naoko Akagi si suicida dopo aver ucciso Rei Ayanami, avendo notato in lei un'esterma somiglianza con Yui Ikari, perchè Naoko è amante di Gendo Ikari e suppone che Rei sia un clone di Yui atto a sostituire la sua scomparsa. L'ipotesi che Rei sia un clone di Yui nasce anche dal fatto che Rei è uno dei nomi che aveva scelto Yui quando era in cinta.
Poco dopo l'istituto di ricerca Gehirn venne destituito ed al suo posto venne istituita l'agenzia militare speciale Nerv, nella quale vennero trasferiti tutti gli ex impiegati del Gehirn, compreso Gendo Ikari, il quale venne promosso come comandante della Nerv stessa. Sebbene la Nerv fosse ufficialmente diretta dalle Nazioni Unite, in realtà tutte le mosse della Nerv sarebbero state pianificate e controllate dalla Seele.
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